2020-04-01编辑：点击：1400
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1 标题：Peripheral T cell expansion predicts tumour infiltration and clinical response PMID：32103181 发表期刊：Nature 影响因子：43.07 发表时间：26 February 2020 摘要：尽管阻断PD1与其配体PDL1相互作用的抗体在癌症治疗中取得了巨大的临床成功，但所涉及的机制仍不清楚。了解T细胞在肿瘤免疫中的起源和命运的一个主要限制是缺乏关于癌症患者个体克隆型T细胞分布的定量信息。在这里，通过对不同类型癌症患者的RNA和T细胞受体进行深入的单细胞测序，作者调查了肿瘤、正常邻近组织和外周血中不同群体的T细胞和T细胞受体的分布情况。作者发现效应型T细胞不仅在肿瘤内而且在正常邻近组织中呈克隆性扩张的明确证据。具有这种克隆型扩增基因特征的患者对抗PDL1治疗反应最好。值得注意的是，在肿瘤和正常邻近组织中发现的扩增克隆型通常也可以在外周血中检测到，这表明这是一种方便的患者识别方法。作者对自己的数据和几个外部数据集的分析表明，肿瘤内的T细胞（特别是有反应的患者）被来自肿瘤外部位的新鲜的、未耗尽的替代细胞所补充，这表明这些患者的癌症免疫周期持续活跃，其加速可能与临床反应有关。 2 标题：Single-cell and spatial transcriptomics reveal somitogenesis in gastruloids PMID：32076263 发表期刊：Nature 影响因子：43.07 发表时间：2020 Feb 19 摘要：类原肠胚是胚胎干细胞的三维聚集体，在着床后表现出哺乳动物发育的关键特征，包括胚层分化和轴向组织。目前为止，只有少数基因在原肠胚中的表达模式在显微镜下被探索，并且还不清楚类原肠胚中的全基因组表达模式在多大程度上模仿了胚胎中的表达模式。在这里，作者使用单细胞RNA测序和空间转录组学来比较小鼠类原肠胚和小鼠胚胎，鉴定了各种先前未知的类原肠胚细胞类型，并表明体节发生的关键调控因子在胚胎和类原肠胚之间表达相似。利用活体成像技术，作者证明了体节发生钟在类原肠胚中是活跃的，并且具有与活体相似的动力学。因为类原肠胚可以大量生长，所以作者进行了一个小筛选，揭示了FGF信号的降低是如何诱导胚胎出现短尾表型的。最后，作者证明了在基质胶中包埋会诱导类原肠胚产生具有正确头尾模式的体节，这些体节随着时间的推移以从到后的方向依次出现。因此，这项研究显示了类原肠胚作为模型系统的能力，其能够以高通量方式研究体外发育和体节发生。 3 标题：MAFG-driven astrocytes promote CNS inflammation PMID：32051591 发表期刊：Nature 影响因子：43.07 发表时间：12 February 2020 摘要：多发性硬化症是中枢神经系统的一种慢性炎症性疾病。星形胶质细胞参与多发性硬化的发病机制，但我们对星形胶质细胞的异质性及其调控知之甚少。在这里，作者报告了多发性硬化症及其实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)临床前模型的星形胶质细胞的分析，方法是单细胞RNA测序结合细胞特异性Ribotag RNA图谱、转座酶及染色质测序分析(ATAC-SEQ)、染色质免疫沉淀测序(CHIP-SEQ)、DNA甲基化的全基因组分析以及基于CRISPR-Cas9技术的体内遗传干扰技术。作者鉴定了EAE和多发性硬化症的星形胶质细胞，其特征是NRF2表达降低，MAFG表达增加，MAFG与MAT2α协同作用以促进DNA甲基化并抑制抗氧化剂和抗炎转录程序。星形胶质细胞中粒细胞-巨噬细胞集刺激因子(GM-CSF)信号驱动MAFG、MAT2α和促炎转录模块的表达，从而促进EAE和潜在的多发性硬化症的中枢神经系统病理。本文的结果确定了多发性硬化症的候选治疗靶点。 4 标题：Cell Stress in Cortical Organoids Impairs Molecular Subtype Specification PMID：31996853 发表期刊：Nature 影响因子：43.07 发表时间：Feb 2020 摘要：皮质类器官是模拟人脑皮质发育的自组织三维培养物。然而，类器官模型的保真度尚不清楚。在这里，作者分析了不同发育时期和皮质区域的单个原代人类皮质细胞的转录本，发现皮质发育的特点是祖细胞成熟轨迹、出现不同的细胞亚型和新生神经元的区域性特化。相比之下，类器官包含广泛的细胞类别，但没有概括不同的细胞亚型特征和适当的祖细胞成熟。尽管皮层区域的分子标记出现在类器官体神经元中，但它们在空间上并不是分离的。类器官体还可以异位激活细胞应激通路，从而损害细胞类型分化。然而，移植到小鼠皮质可以减轻类器官应激和亚型缺陷。总而言之，这些数据集和分析工具为评估和提高皮质类器官体作为人脑发育模型的准确性提供了一个框架。 5 标题：A cell atlas of human thymic development defines T cell repertoire formation PMID：32079746 发表期刊：Science 影响因子：41.037 发表时间：21 Feb 2020 摘要：胸腺为T细胞的分化和选择提供了培育环境，这个过程涉及它们与多种类型的胸腺细胞相互作用。作者对跨越整个生命周期的人类胸腺细胞进行单细胞测序，重建了T细胞分化轨迹和T细胞受体(TCR)重组动力学。利用这种方法，作者在原位鉴定并定位了CD8αα+ T细胞亚群、胸腺成纤维细胞亚型和激活的树突状细胞状态。此外，作者还揭示了TCR重组和选择上的偏向，这归因于基因组位置和谱系定型的动力学。综上所述，我们的数据为人类胸腺的整个生命周期提供了一个全面的图谱，为人类T细胞的发育提供了新的见解。 本文来自上海其明信息技术有限公司 官方微信公众号：GCBI知识库 6 标题：Lymphoma Driver Mutations in the Pathogenic Evolution of an Iconic Human Autoantibody PMID：32059783 发表期刊：Cell 影响因子：36.216 发表时间：2020 Feb 5 摘要：致病性自身抗体出现在许多自身免疫性疾病中，但尚不清楚它们如何逃避细胞免疫检查点的控制。作者通过单细胞多组学分析发现，淋巴样恶性肿瘤与由常见类风湿因子自身抗体引起的混合型冷球蛋白血症有共同的机制。通过将单细胞DNA和RNA测序与血清抗体肽测序和抗体合成相结合，发现产生致病性自身抗体的稀有循环B淋巴细胞构成了产生累积突变的克隆树。在产生致病性自身抗体的流氓B细胞中存在淋巴瘤驱动基因突变和V(D)J突变(CARD11、TNFAIP3、CCND3、ID3、BTG2和KLHL6)。抗体V（D）J突变通过在低温度下使抗原结合的自身抗体发生相变成为不溶性聚集物而赋予其致病性。该结果揭示了人类淋巴瘤肿瘤形成的前阶段一系列导致标志性致病性自身抗体的体细胞突变。 7 标题：Targeting the cytoskeleton to direct pancreatic differentiation of human pluripotent stem cells PMID：32094658 发表期刊：Nat Biotechnol 影响因子：31.864 发表时间：24 February 2020 摘要：从人多能干细胞(HPSC)中产生胰腺β细胞有望成为治疗糖尿病的细胞替代疗法。在这项研究中，作者建立了肌动蛋白细胞骨架的状态与驱动胰腺谱系特化的胰腺转录因子的表达之间的联系。大量细胞和单细胞RNA测序表明，不同程度的肌动蛋白聚合可使细胞偏向不同的内胚层谱系，有利于细胞骨架聚合的条件强烈地抑制了neurogenin 3诱导的内分泌分化。作者使用latrunculin A在内分泌诱导过程中解聚细胞骨架，并开发了一种二维分化方案，以获得具有更好的体外和体内功能的人多能干细胞衍生的β(SC-β)细胞。从4株hPSC分化而来的SC-β细胞在葡萄糖刺激下表现出一、二期的胰岛素分泌。这些细胞的胰岛大小的聚集体的移植以接近人类胰岛的速度迅速逆转了小鼠中严重的既往糖尿病，并维持了正常血糖水平至少9个月。 8 标题：An immune-cell signature of bacterial sepsis PMID：32066974 发表期刊：Nat Med 影响因子：30.641 发表时间：2020 Feb 17 摘要：对细菌感染的免疫应答失调会导致脓毒症，这是一种死亡率很高的情况。多项全血基因表达研究已经确定了脓毒症相关的分子标记，但还没有解决特定细胞类型转录状态的变化。在这里，作者使用单细胞RNA测序技术，通过三个临床组以及相应的对照（n = 36）对脓毒症患者（n = 29）的血液进行了分析。作者对所有受试者的外周血单核细胞（PBMC，106,545个细胞）和树突状细胞（19,806个细胞）进行了分析，并根据其基因表达谱的进行聚类，确定了16种免疫细胞状态。作者确定了一种在脓毒症患者中扩大的独特的CD14 +单核细胞状态，并利用来自不同疾病病因和多个地理位置(18个队列，n = 1,467个受试者)的公共转录数据验证了其在区分这些个体和对照组方面的能力。作者确定了一组用于分离和量化单核细胞状态的表面标志物，并对其表观和功能表型进行了表征，提出了一个从人骨髓中诱导单核细胞状态的模型。这项研究证明了单细胞基因组学在发现疾病相关细胞学特征方面的作用，并为细菌性脓毒症免疫失调的细胞学基础提供了见解。 9 标题：Peripheral CD8+ T cell characteristics associated with durable responses to immune checkpoint blockade in patients with metastatic melanoma PMID：32042196 发表期刊：Nat Med 影响因子：30.641 发表时间：10 February 2020 摘要：PD-1和CTLA-4的免疫检查点阻断（ICB）治疗转移性黑色素瘤（MM）具有不同的疗效。为了在外周样本中探索这一点，作者对一组接受单抗PD-1(sICB)或联合抗CTLA-4的MM患者的CD8+ T细胞基因表达进行了表征。尽管CD8+对sICB和cICB的转录反应涉及一个共同的基因集，但cICB反应的幅度要大4倍以上，并优先诱导有丝分裂和干扰素相关的基因。具有持久临床益处的患者的早期样本显示编码T细胞受体的基因过度表达。通过绘制T细胞受体克隆图谱，作者发现有反应的患者与无反应的患者或对照组相比在治疗后有更多的克隆(占总谱系的0.5%以上)，这与效应记忆T细胞百分比有关。8个治疗后样本的单细胞RNA测序表明，大量克隆过表达了涉及细胞毒性和效应记忆T细胞特征的基因，包括CCL4、GNLY和NKG7。MM患者对ICB的6个月临床反应与治疗后21 天CD8+T细胞的大量克隆有关，与克隆特异性无关，这表明ICB后外周血CD8+克隆性可以提供有关长期治疗反应的信息，且有可能促进治疗分层。 10 标题：The Repertoire of Serous Ovarian Cancer Non-genetic Heterogeneity Revealed by Single-Cell Sequencing of Normal Fallopian Tube Epithelial Cells PMID：32049047 发表期刊：Cancer Cell 影响因子：23.916 发表时间：2020 Feb 10 摘要：细胞状态间的相互分化促进了癌细胞在应激状态下的存活，并促进了非遗传异质性(NGH)因此，NGG是肿瘤弹性恢复力的替代指标，但其定量结果却受遗传异质性的干扰。作者在文中表明，浆液性卵巢癌(SOC)中的NGH可以通过正常输卵管上皮(FTE)细胞的分子特征来准确测量，FTE细胞是浆液性卵巢癌(SOC)的起源细胞。通过分析主要来自非卵巢癌患者的6,000个FTE细胞的转录组数据，研究人员确定了6个FTE亚型。作者使用亚型特征对SOC表达数据去卷积，发现了大量的肿瘤内NGH。重要的是，基于NGH的约1,700个肿瘤分层与生存率密切相关。该发现为SOC的准确预后和治疗奠定了基础。 以上就是对2020年二月份单细胞测序发表文献的盘点，你们有什么看了之后有什么想法，欢迎留言讨论！ 来源： 侵删 关注极客基因公众号 看单细胞测序前沿资讯
